（1）因地制宜地选用抗病良种。（2）药剂处理种子是防治高粱黑穗病最重要，最简单，最有效的粉法。①2%立克秀按种子重量的0.1—0.2%拌种（米汤拌种）或50%禾穗胺按种子重量的0.5%拌种子。②用20%粉锈宁乳油100毫升，加少量水，拌种100公斤，力求混凝土拌均匀，摊开晾干后播种。③用20%萎锈灵乳油（或可湿性粉剂）0.5公斤，加水3公斤拌种40公斤，闷种4小时，晾干后播种。（3）实行3年以上轮作，以减少土中菌量，是防治黑穗病的重要措施。（4）提倡适期晚播，争取早出苗、出全苗。及时砍倒病株，在灰包破裂之前，将病株砍倒拉出地外集中销毁。
防治高粱黑穗病，用戊唑醇等农药喷施防治。