该病以种子带菌为主。散落在土壤中的病菌能存活1年，冬孢子深埋土内可存活3年。散落于土壤或粪肥内的冬孢子是主要侵染源。冬孢子萌发后以双核菌丝侵入高粱幼芽，从种子萌发至芽长1.5cm时，是适侵染期。侵入的菌丝初在生长锥下部组织中，40天后进入内部，60天后进入分化的花芽中。该病是幼苗系统侵染病害。
连作地病重，轮作地病轻，前作病重地比前作病轻地发病严重，因为连作年限愈长，土壤中累积的冬孢子数量也愈大。土壤温、湿度：播种至幼苗期土壤温度及含水量与发病轻重也有密切关系。播种时土温在12℃以下时，出苗期约13天，发病率高，土温15℃，8天出苗，发病率低，缩短幼苗出土时间有利于避病。