菌核病主要在油菜结实期发病严重，要预防菌核病，应选用抗病良种进行播种，并喷施恶霜菌酯水剂或恶霜菌酯水剂进行预防。发病初期及时喷淋甲基立枯磷乳油或农利灵可湿性粉剂进行治疗，可交替用药。
防治油菜菌核病可于发病初期喷施醚菌脂，苯醚甲环唑。
油菜菌核病用苯菌灵防治最佳。
首先选择抗病良种，发病时及时喷洒农利灵可湿性粉剂。
苯菌灵永来防治该病效果比较好。
油菜菌核病用苯菌灵防治最好。
春季油菜初花期及时用菌核净、咪鲜胺、腐霉利喷雾预防。
油菜菌核病如发现病株应及时清除，并根据植保要求喷施40%菌核净可湿性粉剂1000倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液等针对性药剂防治！如加上有机硅，可以增强药效，提高药剂有效成分利用率，巩固防治效果。油菜菌核病防治最佳时间是主茎开花10%时开始用药。
油菜菌核病病菌使用菌核净、腐霉利、使百克、万霉灵(乙霉威)、敌力脱(丙环唑)单剂及其复配剂等效果较好，同时也应选用早熟、抗病、优质高产的油菜品种。
油菜菌核病防治方法：采取以消灭菌源，增强植株抗病能力和重点施药保护的综合防治方法，控制油菜菌核的发生和为害。首先，选用抗病丰产良种，具有茎秆坚硬、抗倒伏、花期短的抗性特点，对控制或减轻油菜菌核病的危害，能起到积极的作用。其次，通过筛选、水选，以清除混杂在种子中的菌核，然后用10％的食盐水选种，清除漂浮的菌核后，再用清水冲洗，晾干后播种。第三适时喷药保护，控制菌核病的发生。用药时间为两个时间：一次是在11月下旬左右，第二次是在3月中下旬。药剂可选用速克灵、多菌灵、克菌清等对口农药在刚始花时喷治，隔7天再防治一次。