油菜菌核病防治在实行农业防治的同时，及时采用化学、药剂防治是控制和减轻菌核病危害的关键性技术措施，根据多年经验，为确保防病效果，必须吃准用药期，选准药剂，采取正确的用药方法。目前常用的主要药剂品种有多菌灵、菌克灵、菌核净、托布津以及各种杀菌剂复配农药。由于油菜菌核病易感病的是开花期，即掌握在初花期用好第1次药非常重要，7-10天后用好第2次药，2次药后若遇连续阴雨天，还应设法用好第3次药。
可用咪鲜胺，多菌灵，腐霉利，戊唑醇等交替使用防治。同时建议加入芸苔素和微肥，以提高植株抗病和生长能力。由于农药企业生产工艺，含量，隐性成份，所以请根据病情到当地经销商寻求理想的杀虫剂和更好的解决方案。