1，口蹄疫常常发烧，传播速度快，仔猪常伴随心肌炎，肠胃炎，四蹄一起发病，天冷时多发，水泡皮薄而透明，触碰有痛感，口蹄疫水泡剪开创面呈鲜红，感染口蹄疫尽量避免打针和惊吓病猪，以免诱发心肌炎.。2.水疱病一般不发烧，以散发居多，没有细菌感染就不会死亡，一个蹄子或两个蹄子发病，水泡皮厚而不透明，弄破也不会很痛，水泡病水泡剪开创面呈白色。
口蹄疫的临诊症状主要是口、鼻、蹄等部位出现水疱。发疱初期或之前，猪表现跛行。一般情况下主要靠这些临诊症状可初步诊断，但表现类似症状的还有猪水疱病、猪水疱疹、水疱性口炎。因此，最终确诊要靠实验室诊断。