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金针虫、地老虎等地下害虫会危害冬瓜的幼苗、根茎,可使用尽胜1000倍液灌根防治;枯萎病、疫苗、蔓枯病会危害冬瓜叶片、幼瓜,可采用多菌灵或百思特等药物进行喷雾防治。
冬瓜的病虫害主要有白粉病,枯萎病和蚜虫等。