病菌从根顶端附近的细胞间隙侵入，边增殖边到达中心柱产生毒素，堵塞导管，破坏根组织，阻碍水分通过。连续降雨后，天气晴朗，气温迅速上升时，发病迅速。
西瓜枯萎病主要是土传病害，最好的换茬。
西瓜枯萎病是土传病害，发病程度取决于当年侵染的菌量，生产上遇有日照少，连阴雨天多降雨量大及土壤黏重，地势低洼，排水不良，管理粗放的连作地，西瓜根系发育欠佳发病重。
西瓜枯萎病病原菌主要以菌丝、厚垣孢子或菌核在未腐熟的有机肥或土壤中越冬。在土壤中可存活6～10年。病原菌可通过种子、肥料、土壤、浇水传播。
西瓜根的分泌物刺激病菌萌发，从根毛顶端或根部伤口侵入，进入维管束，在导管内发育，分泌毒素阻塞导管，干扰新陈代谢，致西瓜萎蔫、中毒枯死。