水稻病害防治必须遵循“预防为主，综合防治”的植保工作方针，牢固树立“公共植保、绿色植保”理念，以稻瘟病、稻白叶枯病为主要防治对象，实施“以种植高产抗病品种为中心，推行高产控病栽培为基础，适时药剂防治为保障”的综合防治策略，加强病情监测预警，广泛开展技术培训，适时指导农民防治。基础措施与应急措施相结合，实施分区治理，分类指导。
1、种植高产抗病品种
在气候条件适宜稻瘟病发生流行的大背景下，品种抗瘟性强弱是影响病害发生程度的主导因素。必须鉴定监测水稻品种抗瘟性，及时压缩、淘汰高感品种，引进、推广种植抗病品种，避免因种植的品种抗瘟性丧失或引进种植的新品种高感稻瘟病导致严重发病。要合理布局品种，力求避免同一个片区品种单一化，增强品种多样化。这是综合防治稻瘟病的中心措施。
2、混合间栽
水稻品种多样性混栽对控制稻瘟病有良好的效果。以矮杆杂交稻品种为主栽品种，当地高杆糯稻为间栽品种，规格化混合间栽。
3、保健栽培措施
田园清洁，减少菌源。病稻草是稻瘟病、稻白叶枯病、稻纹枯病、稻细条病、稻恶苗病、稻细菌性基腐病、稻叶鞘腐败病、稻云形病等多种水稻病害病菌的越冬场所之一，游草、马塘等多种寄主杂草还是稻白叶枯病的初次侵染源之一，要及时处理病稻草，搞好田园清洁，减少初次侵染源，减轻病害的发生危害。
4、监测病情，药剂防治。
水稻病害的危害，有一个发生发展过程，要开展田间调查，监测病害发生动态，适时进行药剂防治。
（1）秧田期防治
种子处理：稻种带菌是稻瘟病、稻白叶枯病、稻细条病、稻恶苗病等多种病害的初次侵染源之一，播种前，稻种用强氯精、多菌灵、石灰水等药剂进行消毒处理，减少初次侵染源。
喷“送嫁药”：移栽前3—5天检查一次，发生叶瘟及栽插节令较迟的田块喷洒三环唑作“送嫁药”，能推迟大田叶瘟发生时间，减轻发生程度。也可以用三环唑+叶枯宁作“送嫁药”，防治稻瘟病、白叶枯病。白叶枯病老病区秧田期喷药是关键，一般拔秧前施一次药。
（2）大田防治。
稻瘟病。叶瘟防治应在移栽返青后5—10天“巡查”一次，发现叶瘟及时喷洒三环唑、硫环唑、稻瘟净等药剂控制叶瘟。穗瘟预防必须在孕穗后期，以品种抗瘟性强弱为基本依据，结合穗期天气预报、叶瘟病情和稻株长势长相，确定预防穗瘟的重点区域和田块。在水稻孕穗末期（尖苞期）准时用三环唑或硫环唑等高效药剂作茎叶喷雾，必要时隔7—10天再喷药一次。多年防治实践能有效预防穗颈瘟，应作为防治稻瘟病的“保障”措施抓好。
稻白叶枯病：稻白叶枯病在发病初期喷药，一般5—7天施药一次，连续用药2—3次，药剂选用叶枯宁、农用链霉素。大田施药要“有一点治一片，有一片治全部”，及时喷药封锁发病中心，如气候有利发病，应实行同类田普遍防治，从而控制病害蔓延。
稻纹枯病：药剂用三唑酮、井冈霉素等，在发病初期用药。
稻曲病：亩用50%复方多菌灵胶悬剂（多菌灵+井冈霉素）100ml进行防治，防治效果达90%左右，或亩用500万单位井冈霉素粉剂27g进行防治，防治效果达85%左右，只需在孕穗后期（抽穗前7—10天）茎叶喷雾一次。