菌种扩制和栽培过程中都会受到木霉的侵染为害。绿色木霉对环境的适应性很强，所含有的纤维素酶、纤维二糖酶等活性很高，在富含木质素纤维素的基质上极易发生，一旦侵染后生长和发展很快，整个料层呈现一片绿色，且分泌毒素，破坏寄主的菌丝和细胞质，使寄主很快死亡。可谓毁灭性、灾难性的病害和杂菌。
灵芝绿色木霉的形态特征
菌丝纤细无色，具分隔，多分枝。分生孢子梗从菌丝的侧枝上生出，对生或互生，一般有2~3次分枝，着生分生孢子的小梗瓶形或锥形。分生孢子多为球形，孢壁具小疣突，绿色或蓝绿色。在PDA培养基上菌落初为白絮状，后为暗绿色。
灵芝绿色木霉发病规律
1、传播途径：分生孢子通过气流、用水、昆虫等传播。老菇房、带菌的工具、原材料是主要的初侵染源。发病后产生的分生孢子，可以多次重复再侵蚀。
2、发生条件：广泛分布在自然界中的土壤、空气和各种有机物中，凡培养料灭菌不彻底或堆制发酵不良均很容易被感染。温度在15~30℃下绿色木霉孢子萌发力最高，菌丝在4~42℃范围内都能生长，以25~30℃生长最快；高温环境有利于孢子萌发和菌丝生长；喜微酸性环境，但pH升至7以上也不死亡。
种植灵芝防治绿色木霉方法
1、以防为主，做好生产场地的清洁卫生工作，配料需新鲜、足干，配比需正确，灭菌需彻底。
2、制种时发现污染应弃去重做；栽培袋污染时，轻者可挖去病灶，局部撒石灰粉或杀菌剂，严重者应烧毁；段木栽培时局部染菌，用利刀削去发病部分树皮及木质，涂撒杀菌剂，若污染严重分布较广，应集中烧毁。
3、拌料时添加0.1%的70%托布津，经高压灭菌能达到较好的防治效果。
4、多菌灵和丰收纯在稀释400-1500倍范围内对绿色木霉的抑制效果很好，其次是百菌清，但同样也抑制了灵芝菌丝的生长，而利用0.35g/L的氢氧化铜既能有效地抑制绿色木霉的生长，同时对灵芝菌丝的生长基本无影响。
5、保证培养室内具有适宜的小气候，把好菌丝培养关。控制25℃左右的温度、60%-70%的湿度，注意通风换气，严防高温高湿，创造灵芝菌丝生长的最适宜环境条件，促进灵芝菌丝快速生长，迅速占领整个料面。