主要以拟菌核随病残体在地上越冬，也可以菌丝潜伏在种子里，或以分生孢子附着在种皮表面越冬，成为翌年初侵染源。越冬后的病菌，在适宜条件下产出分生孢子，借雨水或风传播蔓延，病菌多从伤口侵入，发病后产生新的分生孢子进行重复侵染。
辣椒炭疽病为真菌侵染，通过雨水反溅，或者是气流传播到寄主植物，然后经过伤口侵入，引起初次侵染。然后在病斑上长出分生孢子，造成二次侵染。
越冬菌源产生分生孢子，借助风雨传播，由寄主伤口和表皮直接侵入，借助气流、昆虫、育苗和农事操作传播并在田间反复侵染。调运未消毒的带菌种子，可以远距离传播此病害。
主要以拟菌核随病残体在地上越冬，也可以菌丝潜伏在种子里。