危害症状：棉籽发芽后受侵染，可在土中腐烂。子叶上病斑黄褐色，边缘红褐色，上面有橘红色粘性物质，即病菌分生孢子。幼茎基部发病后产生红褐色梭形条斑，后扩大变褐，略凹陷，病斑上有橘红色粘性物。铃上病斑初为暗红色小点，以后逐渐扩大并凹陷，中部变为灰褐色，上面也有橘红色粘性物质。病铃腐烂可形成僵瓣。
棉苗炭疽病主要危害幼根，引起苗猝倒和幼苗基部溃疡，常与立枯病和红腐病混合发生，造成缺苗断垄，甚至毁种。危害特点：①棉籽在土壤中受侵害，呈水渍状腐烂，不能出土而死亡。②幼苗发病茎基部或稍偏上部产生红褐色条纹，逐渐扩展成条形病斑，稍凹陷，严重时失水纵裂，幼苗萎蔫死亡。③子叶受害边缘产生红褐色半圆形病斑。干燥时，病斑受抑制，边缘紫红色；潮湿时，病斑扩展至全叶，造成子叶枯死早落。